El CODENA, fue organizado por ley nº 152 del 8 de setiembre de 1915 y es importante destacar que, ante las recomendaciones fundamentadas de este organismo en ocasión de la inminente confrontación bélica con Bolivia, se adquirieron las Cañoneras Humaitá y Paraguay, y armamentos en general para el ejército en defensa del chaco paraguayo.
Actualmente está regida por la ley N° 1.337/99, “DE DEFENSA NACIONAL Y DE SEGURIDAD INTERNA” y su modificatoria por ley N° 5.036 del 21 de agosto de 2013.